中心隶属于南开大学药学院，上级主管部门是南开大学实验室设备处。在中心的运行过程中，实行校、院两级管理。中心实行主任负责制，由实验教学中心主任负责具体实验教学内容的安排，同时由南开大学实验室设备处进行资源的统筹管理，在全校范围内实现了实验室、大型仪器设备及师资队伍的资源共享。

　　中心设主任一名，副主任一名。中心主任直接由药学院主管教学院长李月明教授担任，副主任由留学美国Northeastern University的谢春峰博士担任。是一支年轻的、富有建设性的、朝气蓬勃的实验室管理建设队伍。

　　中心坚持“以能力培养为核心”的实验教学观念，努力提高实验教学质量，构建了新型实验教学体系。中心采用固定与流动、专职与兼职相结合的聘用制用人机制组建了一支高水平的实验教学队伍。中心共42 人，其中教授4 人，具有博士学位的34 人，36%教师有国外进修经历，是一支高素质的实验教学队伍。