中心隶属于南开大学药学院，上级主管部门是南开大学实验室设备处。在中心的运行过程中，实行校、院两级管理。中心实行主任负责制，由实验教学中心主任负责具体实验教学内容的安排，同时由南开大学实验室设备处进行资源的统筹管理，在全校范围内实现了实验室、大型仪器设备及师资队伍的资源共享。

　　 实验教学中心主任的职责如下：

　　1. 负责实验中心建设与发展规划的制定和组织实施。

　　2. 负责实组织建立健全实验室管理和实验教学的规章制度。

　　3. 负责实验教学队伍建设、人员的聘任和管理。

　　4. 负责制定实验教学计划、实验教学改革方案、课程建设、教材建设和开放实验等。

　　5. 负责中心管理体制的改革，按资源共享的原则保证实验室、工作人员和仪器 设备的合理配置及经费的合理使用。

　　6. 负责中心实验教学改革与建设，组织实验教学计划的实施。

　　7. 负责精神文明建设和安全、环保工作。