南开大学药学实验教学中心的发展是与南开大学药学院学科建设密切联系的。南开大学药学院是一所年轻的学院。药学院前身为南开大学化学学院药学系，于2003年筹备。在筹备过程中得到了学校领导的大力支持。自2005年开始，南开大学开设药学专业，在此基础上经过周密筹划与实地考察，于2007年3月正式挂牌成立药学院。同年，南开大学药学实验教学中心成立。成立6年来，在南开大学的支持下，师生规模逐步稳步上升。学院总体发展目标是通过5-10年的努力，建设成为具有适度规模、国内一流、具有南开特色的药学院。

为了使学生全面掌握化学药、生物药、天然药物和中药等不同药物的生产过程，并了解药品经营、管理和使用等各方面的法律法规，南开大学教务处每年都拨专款用于药学院本科生的实验教学工作。 迄今为止，学院先后到安国、北京、天津、塘沽等地进行教学实践活动，其中涉及到中药、化学药及生物药等不同企业，以及药监部门、医院等从事药品监督管理和使用部门，使学生对药品的研发、生产、销售、使用和经营管理有系统的理解。

基础实验教学主要强调对学生基本操作和科学素养的培养,而创新型实验则强调学生的科研意识和创新研究能力的培养。除了依靠学校在理科培养方面的雄厚实力，南开大学药学院尤其重视对学生科研意识和创新能力的培养。 截止到目前为止，药学院本科生参加南开大学本科生创新科研计划项目40项，其中，“国家大学生创新性实验计划”项目11项，“百项工程”项目29项。其中4项获得学校二等奖，四项获得三等奖。

药学院的本科实验教学，在基础实验课、专业实验课和药学综合实验课中充分利用南开大学在本科实验教学方面的优势，合理利用资源，在本科实验教学方面走出了自己的路，在本科生培养方面取得了丰硕的成果。近年来，每年都有学生保送到北京大学化学与分子工程学院、北京大学药学院、中国科学院上海药物研究所或中国科学院上海有机化学研究所等国内一流单位。

2013年3月份起，南开大学在天津市区与滨海新区之间新建面积250 hm (公顷)的新校区，这是药学实验教学中心和南开药学一次难得的发展机遇。为抓住新校区建设的历史契机，实验中心提出未来的发展规划，力争在5年内建成包含药学基本训练实验、专业基础实验、药学开放性实验(包括设计实验和综合实验)3大实验课程体系，药物基础实验、药物创制、药物工艺研究及制剂、药物分析及评价评价、药物应用和实验支撑6大平台的药学实验教学体系，涵盖药学专业大部分二级学科，为学生的成才与发展提供更坚实、更专业、更广阔的平台。